A largada da Corrida Coruja etapa Cidades Irmãs será exatamente embaixo do pórtico que une Florianópolis e São José. Os atletas largam entrando em São José pela pista de rolamento bloqueada, sentido contrário ao fluxo de veículos, que serão desviados pela Guarda Municipal e PMSC. Na união da pista de rolamento com o final da calçada é o retorno, voltando ao pórtico pela calçada a beira-mar. Passam sob o pórtico entrando em Florianópolis, seguindo pela pista de rolamento pelo trecho conificado até o retorno, próximo ao Conjunto Residencial Via Expressa. Retorno com chegada na Praça de São José.
Esse percurso é o trecho de 5K. Os atletas inscritos para 10K fazem duas voltas.